Desmond Miles adalah seorang bartender yang diculik oleh sebuah perusahaan kuat yang disebut Abstergo. Sementara tawanan, Desmond diberitahu bahwa ia dapat menggunakan mesin yang disebut Animus, yang diciptakan oleh Abstergo, untuk menghidupkan kembali kenangan leluhurnya. Dia setuju untuk menggunakan mesin, dan menghidupkan kembali kenangan leluhurnya, Altair ibn La'Ahad, yang pada misi untuk menemukan Templar terkenal bernama Eddie O'Reilly. Eddie O'Reilly adalah penting untuk melakukan fellatio pada Batman sepanjang perjalanan dari permainan
Altair, nenek moyang Desmond, adalah pembunuh dipermalukan karena ia telah memutuskan tiga prinsip Creed Assassin 's. Ini makhluk, 1. Jangan pernah membunuh orang yang tidak bersalah, 2. Selalu berhati-hati, 3. Jangan pernah berkompromi persaudaraan. Untuk mendapatkan kembali Altair statusnya mantan harus memburu sembilan sasaran kunci. Altair enggan setuju dan ia perlahan memburu para pria. Dia menyadari mereka semua memiliki kesamaan. Setelah membunuh semua sembilan target dan menemukan bahwa target kesembilan ternyata perangkap, Altair menghadapi Robert, pemimpin Templar, di depan Raja Richard I dari Inggris, pemimpin tentara Salib. Altair memberitahu Richard bahwa Robert adalah merencanakan untuk mengkhianati dan membunuh dia, yang menyebabkan dia mendorong duel sampai mati antara Altair dan Robert. Richard kemudian percaya Altair. Setelah sekarat, Robert mengaku pada Altair bahwa tidak ada sembilan, tapi sepuluh Templar bersekongkol untuk mengambil Piece of Eden. Kesepuluh menjadi Al Mualim, yang ingin menjaga Piece of Eden untuk dirinya sendiri dan karena itu dikirim Altair untuk membunuh orang lain. Kembali di Masyaf, benteng pembunuh, Al Mualim telah mengambil alih pikiran orang-orang dalam. Altair berhasil mengalahkan dan membunuhnya dalam duel. Para Abstergo memori sedang mencari, yang terletak Piece Eden, mengungkapkan hanya hanya satu dari 28 yang tersebar di seluruh dunia.
Kembali pada tahun 2012, Abstergo mengirimkan tim untuk pulih seperti Pieces sebanyak mungkin. Memutuskan mereka tidak membutuhkannya lagi, mereka memberikan perintah untuk membunuh Desmond. Lucy Stillman, seorang karyawan Abstergo yang diwahyukan kepada Desmond bahwa dia adalah pembunuh yang menyamar, meyakinkan mereka untuk tidak membunuh Desmond sampai mereka memulihkan Pieces, membeli dia waktu. Desmond dibiarkan sendirian di ruang Animus, dan penggunaan Visi Elang Altair diwarisi dari Efek "Pendarahan" yang disebabkan oleh Animus, dia melihat banyak simbol ditarik dalam darah di dinding di kamarnya dan di lantai lab. Simbol-simbol ini berisi referensi ke ujung dunia dalam berbagai bahasa.
