Untuk pertama kalinya dalam seri, permainan fitur multiplayer online. Pemain bermain sebagai karyawan Abstergo, yang, melalui penggunaan Animus, mengambil pada kenangan genetik Templar Renaissance di berbagai mode permainan.
DLC Da Vinci Penghilangan berakhir di dalam salah satu dari 5 candi dan memberikan koordinat GPS yang bertepatan dengan danau di New York. Hal ini mengisyaratkan bahwa Apple Eden telah tersembunyi di sebuah kuil oleh Ezio dan DLC berlangsung 3 tahun sebelum akhir Persaudaraan. Setelah memori akhir, Desmond masih dalam keadaan koma dan mendengar suara-suara asing dari pembunuh baru ia belum bertemu. Mereka mengatakan mereka telah menemukan apa yang mereka butuhkan dan mengisyaratkan pengiriman tim pembunuh ke candi yang ditemukan baru.